وقتی محمود رودکی مشهور به محمود افغان شورش اهالی قندهار علیه صفویان را به ثمررساند و دروازه اصفهان و پایتخت آن را گشود تدریس علوم دینی در مدرسه سلطانی رونق گرفته بود.
سلطان حسین علاقه زیادی به فقها داشت و فقیه نامی آن زمان محمد باقر مجلسی هم پشتیبانش بود. دربار صفوی تا پیش از سلطنت او همیشه درگیر نزاع بین فقها و صوفیان بود اما این نزاع در دوره ی او اوج گرفت.
ساخت مجموعه بناهای مدرسه سلطانی که امروز آن را به نام مدرسه چهار باغ می شناسیم ، در زمان اوج این کشمکش ها شروع شد تا تفسیر، فقه و اصول در آن تدریس شود.
مجموعه‌ای که هزینه بخش‌هایی از آن را مادر شاه قبول کرد و به همین دلیل در طول سالیان به آن مسجد مادرشاه هم گفته اند.
مدرسه ای که بیش از هر چیز معماری اش آن را مشهور کرده، معماری کم نظیری از تقارن وتناسب و زیبایی.
مسجدی بس بزرگ که با سلیقه خوب ساخته اند، معماری این بنا در کمال حُسن وسادگیست. گنبدی عالی دارد و درهای آن با نقره ها و منبت کاری زیبا آراسته شده.
این را سفیر فرانسه در دوره قاجار پس از دیدن مدرسه چهارباغ در کتابش نوشته، دربارهمدرسه ای با سر دری باشکوه، مزین به کاشی های ریز و ظریف با ۱۷ طاق نمای دوطبقه آجری در اطرافش و گنبدی که از دور نمایان است. گنبدی با کاشی کاری زیبا و نفیس که اززیباترین گنبدهای ایران است و در دوره رضا شاه مرمت و بازسازی شد.